Metodă rapidă de identificare a variantei britanice a virusului SARS-CoV-2

Varianta de coronavirus originară din Regatul Unit și notată B.1.1.7, responsabilă pentru creșterea masivă a numărului de cazuri înregistrate în Marea Britanie pe parcursul lunii decembrie a anului trecut, este caracterizată printr-o transmisibilitate crescută, doar măsurile de carantinare națională din luna ianuarie ducând la reducerea numărului de cazuri înregistrate. Din aceste motive această variantă a virusului provoacă îngrijorare în întreaga Uniune Europeană și în alte țări, fiind considerată, alături de variantele din Africa de Sud (B.1.351) și Brazilia (P.1), ca variante de îngrijorare de către Centrul European pentru Combaterea și Controlul Bolilor. Specialiștii preconizează că varianta britanică va deveni varianta dominantă în numeroase regiuni europene, iar din păcate procesul de identificare a acestei variante a virusului SARS-CoV-2 (B.1.1.7) este mult îngreunat. Dificultățile de identificare vin din timpul mare necesar procesului de secvențiere a genomului virusului SARS-CoV-2, utilizat în prezent ca metodă de identificare, de costurile asociate acestei metode și de capacitatea redusă de secvențiere, mai ales în țara noastră.

• Metoda RT-PCR, cu timp și costuri mai reduse, agreată ca metodă eficientă de testare în această perioadă

Din probele analizate pe parcursul ultimei săptămâni în cadrul Laboratorului de Metagenomică și Biologie Moleculară al Universității „Ștefan cel Mare” din Suceava  au fost depistate un număr de 65 noi cazuri aparținând tulpinii de interes epidemiologic B.1.1.7, cunoscută ca având originea în Marea Britanie. Pornind de la rapoartele publicate de Serviciul de Sănătate Publică din Anglia privind investigarea noii variante SARS-CoV-2, s-au testat cele 101 probe și prin metoda RT-PCR, folosind kitul TaqPath menționat în studiu. Toate cele 65 de cazuri de tulpini britanice au fost identificate prin metoda RT-PCR (TaqPath) ca având gena S nedeterminată și doar unul dintre celelalte 36 de cazuri pozitive a mai fost identificat prin RT-PCR (TaqPath) ca având gena S nedeterminată. S-a obținut în acest fel o corelație de 99% între cele 2 metode, metoda de secvențiere a întregului genom al virusului și metoda de testare prin RT-PCR (TaqPath). S-a observat în același timp o pondere de 98,5% de tulpini britanice din grupul celor depistate la RT-PCR (TaqPath) cu gena S nedeterminată, comparativ cu runda precedentă de secvențiere, când doar 14 din cele 22 de probe identificate prin RT-PCR (TaqPath) cu gena S nedeterminată au fost confirmate ca fiind varianta britanică. Timpul necesar testării prin RT-PCR (TaqPath) este mult mai redus decât cel necesar metodei de secvențiere, fiind timpul obișnuit al unui proces de testare RT-PCR, iar costul kiturilor de testare este mult mai mic decât al kiturilor de secvențiere, în timp ce capacitatea de testare RT-PCR (TaqPath) din România este mult mai mare decât cea de secvențiere. Din aceste cauze s-a decis că este justificată, în această perioadă, utilizarea metodei RT-PCR (TaqPath) pentru decizii rapide și doar secvențierea prin selecție pentru validarea periodică a metodei rapide. În același timp, procesul de secvențiere trebuie extins și diversificat în România, pentru identificarea celorlalte variante de tulpini cu transmisibilitate crescută, sau cu alte caracteristici îngrijorătoare.

Comisia Europeană a recomandat din ianuarie ca țările europene să îşi înnoiască strategiile de testare pentru a răspunde noilor tulpini și să crească urgent secvenţierea genomică, cel puţin până la 5%, preferabil până la 10% din rezultatele pozitive. Identificarea prezenței variantelor de tulpini cu transmisibilitate crescută reprezintă doar unul dintre obiectivele activității de secvențiere, Organizația Mondială a Sănătății recomandând prioritizarea secvențierilor și în alte scopuri. Datele de informare au fost prezentate de prof.univ.dr. Mihai Dimian, prof. univ. dr. Mihai Covașă și conf. univ. dr. Andrei Lobiuc.